Michelangelo, Donatello, Leonardo i Raphael wracają do kin tego lata, by walczyć z większymi i gorszymi złoczyńcami. Pomoże im April O'Neil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) i ktoś nowy: noszący maskę hokeisty Casey Jones (Stephen Amell). Kiedy superzłoczyńca Shredder ucieka z więzienia, łączy siły z szalonym naukowcem Baxterem Stockmanem (Tyler Perry) i dwoma przygłupimi pomocnikami, Bebopem (Gary Anthony Williams) i Rocksteadym (supergwiazda WWE Stephen "Sheamus" Farrelly), aby zrealizować diaboliczny plan przejęcia świata. Kiedy Żółwie przygotowują się do pokonania Shreddera i jego nowej ekipy, muszą też stawić czoła jeszcze większemu złu: straszliwemu Krangowi.