Oprócz walorów kulinarnych korzeń chrzanu ma liczne właściwości lecznicze. Był składnikiem ludowych lekarstw. Nie powinno się jeść więcej chrzanu niż 4 łyżeczki dziennie. Większa ilość może podrażniać żołądek i obciążać nerki. Nie powinny go jeść osoby cierpiące na wrzody i zgagę, mające chorą wątrobę i niewydolność nerek.